Depuis 2009, suite à une réunion au sein de la SONITO avec les divers pépiniéristes de la filière, une attention toute particulière a été prêtée au sujet des semences fournies par les obtenteurs et distributeurs.

Dans la Charte de Qualité qui lie les Pépiniéristes avec les OP, le paragraphe "Semences saines" indique les points suivants à respecter :

Exiger les garanties à la commande que sont :

• Traçabilité des semences.
• Tests de contrôle de Corynebacterium et Pepino (méthode française d’analyse) et de toute autre maladie de quarantaine qui pourra apparaître.
• La désinfection obligatoire (hypochlorite).
• Obligation de fournir les rapports de laboratoires agrées pour les tests de Faculté et de Vigueur Germinative (FG, VG). Il est souhaitable de ne pas mélanger deux lots de semences de la même variété dans le semoir (le défaut de l'un des lots peut s'en trouver multiplié) de nettoyer le semoir après chaque lot.

Les incidents montrent qu'il faut conserver un lot de semences et garder son numéro pour le contrôle éventuel à posteriori. »

Les représentants des Organisations de Producteurs, des Industriels et des Pépiniéristes se sont accordés pour que la Sonito, par l’intermédiaire de son Responsable Technique, récupère chaque fin d’année, auprès des obtenteurs et distributeurs, toutes les données exigées en garanties et citées en gras dans l’extrait de la Charte de Qualité ci-dessus. Les Organisations de Producteurs et les Industriels choisiront en conséquence les variétés renseignées, et se réservent le droit de ne pas commander et produire les semences dont les exigences n’ont pas été respectées.

Depuis, les pépiniéristes et semenciers ont créer le GSPP (Good Seed and Plant Practices, littéralement « Bonnes Pratiques appliquées aux Semences et Plants) en raison du nombre croissant dans le monde ces 5 dernières années, de cas de contaminations par le Cmm (Clavibacter michiganensis spp. Michiganensis). Avec l'augmentation de la production, du commerce et de la distribution de tomates, les conséquences de ces contaminations sont devenues économiquement lourdes et ont abouti à une perte de confiance entre semenciers, producteurs de plants et producteurs de tomates.